Банк отменяет исковое заявление, но требует оплатить госпошлину. Что делать?

Судя по тексту, никакого мирового соглашения у вас не было. Банк отказался от своих требований к вам, при этом вы с банком договорились о снижении размера его претензий к вам. В этом случае в отношении пошлины, уплаченной банком, смотрите ниже (при отказе истца от иска.....) (даже если ваши обстоятельства несколько иные,судебные расходы, в т.ч. и уплаченная госпошлина, взыскиваются с другой стороны пропорционально удовлетворенным требованиям-по аналогии в ваших с банком отношениях сейчас этот принцип также должен действовать. Банк уменьшил свои требования к вам на сумму пени и штрафов, следовательно и пошлина (если вы согласитесь её банку возместить) в целях её возмещения уменьшается)

ГПК РФ, Статья 101. Распределение судебных расходов при отказе от иска и заключении мирового соглашения

1. При отказе истца от иска понесенные им судебные расходы ответчиком не возмещаются. Истец возмещает ответчику издержки, понесенные им в связи с ведением дела. В случае, если истец не поддерживает свои требования вследствие добровольного удовлетворения их ответчиком после предъявления иска, все понесенные истцом по делу судебные расходы, в том числе расходы на оплату услуг представителя, по просьбе истца взыскиваются с ответчика.

2. При заключении мирового соглашения стороны должны предусмотреть порядок распределения судебных расходов, в том числе расходов на оплату услуг представителей.

В случае, если стороны при заключении мирового соглашения не предусмотрели такой порядок распределения судебных расходов, суд решает этот вопрос применительно к статьям 95, 97, 99 и 100 настоящего Кодекса.