Какие ограничения при перерегистрации автомобиля, если не читается номер шасси в старом СТС?

Нет ограничений. Просто обращайтесь в МРЭО ГИБДД с заявлением о регистрации транспортного средства, ДКП, ПТС, полисом ОСАГО, паспортом и квитанцией об оплате государственной пошлины. Сначала нужно будет пройти площадку осмотра.

Это не основание для отказа в регистрационных действиях согласно Приказам МВД РФ №605 и 1001 (Приказ МВД России от 7 августа 2013 г. N 605 - Административный регламент и Приказ МВД РФ от 24 ноября 2008 г. N 1001 "О порядке регистрации транспортных средств"), на основании которых производятся регистрационные действия. Исчерпывающий перечень оснований для отказа приведен в пунктах 22-24 Административного регламента, утв. Приказом №605.

Так согласно последним изменениям в пункт 3 Правил регистрации (утв. Приказом МВД РФ от 24 ноября 2008 г. N 1001 "О порядке регистрации транспортных средств") не подлежат регистрации в Госавтоинспекции и не проводятся регистрационные действия с транспортными средствами по следующим основаниям:

обнаружены признаки скрытия, подделки, изменения, уничтожения идентификационных номеров транспортных средств, номеров узлов и агрегатов (кузова, рамы, кабины, двигателя) идентифицирующих транспортное средство* (21), либо подделки представленных документов, несоответствия транспортных средств и номерных агрегатов сведениям, указанным в представленных документах, или регистрационным данным, а также при наличии сведений о нахождении транспортных средств, номерных агрегатов в розыске или представленных документов в числе утраченных (похищенных), за исключением транспортных средств с измененной маркировкой транспортных средств и номерных агрегатов в результате естественного износа, коррозии, ремонта или возвращенных собственникам или владельцам после хищения, при условии их идентификации

Выделенный жирным текст появился в последней редакции и позволяет осуществлять регистрационные действия с транспортными средствами, идентификационные номера которых нечитаемы вследствие естественного износа, а не перебиты. Удачи Вам в разрешении Вашего вопроса!