Проблемы с документами в России - Что делать и как обезопасить наш брак и ребенка?

Помогите разобраться, как нам дальше быть! В 2013 я познакомился с своей будущей женой в Крыму, где она работала сопровождающей туристических групп (не официально). Крымской регистрации на время референдума у неё не было (был паспорт Украины с регистрацией в Харькове). Знакомые подсказали, что есть в Крыму юридическая компания, которая помогает законно собрать все документы для получения паспорта РФ. В 2014 года она получила в УФМС Крыма паспорт, сама появлялся в ФМС только 3 раза. В 2014 году она переехала камне в Москву. В августе 2015 года я женился на ней, она решала оставить свою фамилию, я и не настаивал о замене. В мае 2016 у нас родился ребенок. Также, с 2014 года она оформилась на работе по новому паспорту. Получила на основании этого паспорта ИНН, страховой полюс. И вот, месяц назад я проверяю её паспорт на сайте УФМС, и мне выдает информацию, что «Не действителен (ЧИСЛИТСЯ В РОЗЫСКЕ)». Телефоны юридической компании, которая оказывала посреднические услуги (представляла интересы жены) в ФМС, не работает, подтверждающие документов оказание услуг у нас нет. Дальше мы отправили письмо пояснить в чём проблема, на что нам ответили что по результатам служебного расследования, Ваш паспорт является оформленным на основании недостоверных сведений, указанных заявителем, выданным в нарушение установленного порядка и подлежит изъятию. В УФМС дальше боимся обращаться, потому что заберут паспорт. Как нам быть? Я, гражданин России, прописан в Брянской области. Что нам ожидать? И с чего лучше начать? Наши документы аннулируют? (Свидетельство о браке, Свидетельство о рождении ребенка?)