Оплата дней, проведенных в стационаре - кто их оплачивает и какие статьи закона об этом говорят?

Здравствуйте, Роман! Да, должны быть оплачены в размере среднего заработка.

В соответствии с ч.1 ст.6 Федерального закона "О воинской обязанности и военной службе" от 28.03.1998 N 53-ФЗ

1. Граждане на время медицинского освидетельствования, медицинского обследования или лечения для решения вопросов о постановке их на воинский учет, об обязательной подготовке к военной службе, о призыве на военную службу или поступлении на военную службу по контракту, поступлении в мобилизационный людской резерв, призыве на военные сборы, а также на время исполнения ими других обязанностей, связанных с воинским учетом, обязательной подготовкой к военной службе, призывом на военную службу или поступлением на военную службу по контракту, поступлением в мобилизационный людской резерв и призывом на военные сборы, освобождаются от работы или учебы с сохранением за ними места постоянной работы или учебы и выплатой среднего заработка или стипендии по месту постоянной работы или учебы, им возмещаются расходы, связанные с наймом (поднаймом) жилья и оплатой проезда от места жительства (работы, учебы) и обратно, а также командировочные расходы.

Согласно п.26 Порядка выдачи листков временной нетрудоспособности, утвержденного Приказом Минздравсоцразвития России от 29.06.2011 N 624 н в Вашем случае листок временной нетрудоспособности не выдается.

Оплата будет произведена за счет средств федерального бюджета как раз на основании выданной справки (п.2, 3 Правил компенсации расходов, утвержденных Постановлением Правительства РФ от 01.12.2004 N 704).