Есть ли обязательство платить налог при продаже квартиры, полученной по наследству, если уже владел другими долями?

На тот счёт можно посмотреть письмо Департамента налоговой и таможенной политики Минфина России от 19 июля 2016 г. № 03-04-05/42232.

В этом письме высказана следующая позиция:"Пунктом 1 статьи 235 Гражданского кодекса Российской Федерации предусмотрено, что право собственности прекращается при отчуждении собственником своего имущества другим лицам, отказе собственника от права собственности, гибели или уничтожении имущества и при утрате права собственности на имущество в иных случаях, предусмотренных законом.

Исходя из изложенного, изменение состава собственников, в том числе переход имущества к одному из участников общей долевой собственности, не влечет для этого лица прекращения права собственности на указанное имущество. При этом на основании статьи 131 Гражданского кодекса Российской Федерации изменение состава собственников имущества предусматривает государственную регистрацию такого изменения.

Таким образом, изменение размера доли налогоплательщика в праве собственности на квартиру не прерывает срок нахождения указанного имущества в собственности налогоплательщика.

Учитывая изложенное, в случае если квартира находилась в собственности налогоплательщика (независимо от изменения размера доли в праве собственности на указанную квартиру) более трех лет, то доходы от продажи указанной квартиры не подлежат обложению налогом на доходы физических лиц."

Поскольку вы владели 2/3 долями более 3 лет, то приобретение оставшихся 1/3 доли не прерывает срок владения. Следовательно, налог от продажи квартиры Вам платить не нужно.