Отказали в выдаче патента по причине штрафа. Законно ли это?

Вообще, да. Имейте ввиду, что:

42. Основаниями для отказа в приеме заявления и документов, необходимых для предоставления государственной услуги, являются:

42.1. Отсутствие документов, указанных в пунктах 28-33 настоящего Административного регламента.

42.2. Принятие МВД России решения о приостановлении на определенный период выдачи патентов на территории субъекта Российской Федерации или принятия Правительством Российской Федерации решения о приостановлении на определенный период выдачи патентов на территории Российской Федерации.

42.3. Наличие отказа в выдаче или переоформлении патента или аннулирования патента в течение года, предшествующего дате подачи заявления.

42.4. Нарушение срока обращения за переоформлением патента, установленного пунктом 8 статьи 13.3 Федерального закона от 25 июля 2002 г. N 115-ФЗ "О правовом положении иностранных граждан в Российской Федерации".

42.5. Нарушение заявителем установленного порядка пребывания на территории Российской Федерации.

43. В случае, если нарушены требования к форме, содержанию заявления и прилагаемым к нему документам (пункты 34-37 настоящего Административного регламента), при наличии ошибок в указанных заявителем персональных данных или при наличии в представленных документах записей, исполненных карандашом или имеющих подчистки, приписки, зачеркнутых слов, неоговоренных исправлений, а также при отсутствии в них необходимых сведений, подписей, печатей, заявителю предлагается устранить имеющиеся недостатки и подать документы повторно.

Однако, с учетом конкретных обстоятельств, отказ можно оспорить в судебном порядке. За что был штраф?