Несправедливое отношение командования части - частые госпитальные отправления и несправедливая оценка успеваемости

Согласно требованиям нормативных актов все законно. В соответствии с п. 11 Порядка, утвержденного Приказом Министра обороны Российской Федерации от 26 июля 2010 г. N 1010, не представляются к дополнительному материальному стимулированию:

... военнослужащие, имеющие дисциплинарное взыскание за совершенные грубые дисциплинарные проступки в период, за который производится дополнительная выплата, а также имеющие неудовлетворительные результаты по профессионально-должностной (командирской) и физической подготовке;

Вы вправе обжаловать решение командования в гарнизонном суде, но, увы, шансов мало. На " гражданке" это могло сработать (больничные и т.п.), а в ВС военнослужащий должен быть готов в любой момент для исполнения служебных обязанностей.