Как правильно подать заявление в прокуратуру в другом городе, если я - дольщик из Ростова-на-Дону, а застройщик находится в Сочи?

Можно, но документы они направят по месту нахождения застройщика, для проверки. Ну а так, да можете подать, но скорее всего будут отнекиваться, так как это не в их компетенции и т.п.