Объясните, пожалуйста, как быть, ведь никакой материальной выгоды от этих денег я не получаю: покупаю на них квартиру.

Пп. 1 п. 1 ст. 212 Налогового кодекса РФ определено, что доходом налогоплательщика, полученным в виде материальной выгоды, является материальная выгода, полученная от экономии на процентах за пользование налогоплательщиком заемными (кредитными) средствами, полученными от организаций.

А п. 2 ст. 212 Налогового кодекса РФ установлено как определяется налоговая база при получении налогоплательщиком дохода в виде материальной выгоды. Она определяется как превышение суммы процентов за пользование заемными средствами, исчисленной исходя из 3/4 действующей ставки рефинансирования ЦБ РФ на дату получения таких средств, над суммой процентов, исчисленной исходя из условий договора. То есть договор займа (кредита) должен быть процентным (в тексте договора должно содержаться условие о размере процентов и порядке их уплаты). У вас же, как вы говорите, займ (кредит) беспроцентный. Следовательно, определить налоговую базу в соответствии с п. 2 ст. 212 Налогового кодекса РФ невозможно и у вас не возникает дохода в виде материальной выгоды.

Что же касается 6 % годовых "на обслуживание ссуды", то это условие должно содержаться в договоре займа (кредита) и определяться как ваши дополнительные расходы. Оно не делает ваш договор процентным (если конечно все грамотно оформлено и прописано). Это уже доходы вашей организации.