Какие санкции могут быть применены к сотруднику негласного штата ФСБ, если он несоблюдает условия контракта и регулярно пропускает рабочие дни?

Алексей, в принципе в контракте это должно быть сказано.

Военнослужащий, проходящий военную службу по контракту, по заключению аттестационной комиссии может быть уволен с военной службы досрочно по собственному желанию при наличии у него уважительных причин.

в связи с существенным и (или) систематическим нарушением в отношении него условий контракта;

б) по состоянию здоровья - в связи с признанием военно-врачебной комиссией ограниченно годным к военной службе

по семейным обстоятельствам:

в связи с невозможностью проживания члена семьи военнослужащего по медицинским показаниям в местности, в которой военнослужащий проходит военную службу, и при отсутствии возможности перевода военнослужащего к новому месту военной службы, благоприятному для проживания указанного члена семьи;

в связи с изменением места военной службы мужа-военнослужащего (жены-военнослужащей), связанным с необходимостью переезда семьи в другую местность;

в связи с необходимостью постоянного ухода за отцом, матерью, женой, мужем, родным братом, родной сестрой, дедушкой, бабушкой или усыновителем, нуждающимися по состоянию здоровья в соответствии с заключением федерального учреждения медико-социальной экспертизы по их месту жительства в постоянном постороннем уходе (помощи, надзоре), при отсутствии других лиц, обязанных по закону содержать указанных граждан;

Алексей посмотрите ФЕДЕРАЛЬНЫЙ ЗАКОН - О ВОИНСКОЙ ОБЯЗАННОСТИ И ВОЕННОЙ СЛУЖБЕ