Работник в/ч получил бесплатный проезд, но работодатель требует справки о ценах от аэрофлота - что делать?

Зависит от конкретных обстоятельств. Если представите документы, подтверждающие пролет по допустимому маршруту допустимым вариантом размещения - можете не предоставлять.

Правила

компенсации расходов на оплату стоимости проезда и провоза багажа к месту использования отпуска и обратно для лиц, работающих в федеральных государственных органах, государственных внебюджетных фондах Российской Федерации, федеральных государственных учреждениях, расположенных в районах Крайнего Севера и приравненных к ним местностях, и членов их семей

(утв. постановлением Правительства РФ от 12 июня 2008 г. N 455)

5. Расходы, подлежащие компенсации, включают в себя:

а) оплату стоимости проезда к месту использования отпуска работника учреждения и обратно к месту постоянного жительства - в размере фактических расходов, подтвержденных проездными документами (включая оплату услуг по оформлению проездных документов, предоставление в поездах постельных принадлежностей), но не выше стоимости проезда:воздушным транспортом - в салоне экономического класса. При использовании воздушного транспорта для проезда работника учреждения и членов его семьи к месту использования отпуска указанного работника и (или) обратно к месту постоянного жительства проездные документы (билеты) оформляются (приобретаются) только на рейсы российских авиакомпаний или авиакомпаний других государств - членов Евразийского экономического союза, за исключением случаев, если указанные авиакомпании не осуществляют пассажирские перевозки к месту использования отпуска либо если оформление (приобретение) проездных документов (билетов) на рейсы этих авиакомпаний невозможно ввиду их отсутствия на дату вылета к месту использования отпуска и (или) обратно;