Что нужно сделать в такой ситуации иск подан от юридического лица, а госпошлина оплачена от физического лица

В соответствии со ст.333 .40 пункта6. Налогового кодекса РФ . Плательщик государственной пошлины имеет право на зачет излишне уплаченной (взысканной) суммы государственной пошлины в счет суммы государственной пошлины, подлежащей уплате за совершение аналогичного действия.

Указанный зачет производится по заявлению плательщика, предъявленному в уполномоченный орган (должностному лицу), в который (к которому) он обращался за совершением юридически значимого действия. Заявление о зачете суммы излишне уплаченной (взысканной) государственной пошлины может быть подано в течение трех лет со дня принятия соответствующего решения суда о возврате государственной пошлины из бюджета или со дня уплаты этой суммы в бюджет. К заявлению о зачете суммы излишне уплаченной (взысканной) государственной пошлины прилагаются: решения, определения и справки судов, органов и (или) должностных лиц, осуществляющих действия, за которые уплачивается государственная пошлина, об обстоятельствах, являющихся основанием для полного возврата государственной пошлины, а также платежные поручения или квитанции с подлинной отметкой банка, подтверждающие уплату государственной пошлины.

Поэтому Вы можете обратиться в Арбитражный суд с ходатайством о зачете оплаченной госпошлины по указанному исковому заявлению