Отказ Федерального казначейства в выплате компенсации за неиспользованный отпуск и материальной помощи - есть ли основания для отказа?

В компенсации - правильно отказали, пока работаете у одного работодателя-компенсацию, в обшем случае, получить нельзя.

По матпомощи - ответить, не прочитав Ваше положение о ней - нельзя.

Статья 126 ТК РФ.

Замена ежегодного оплачиваемого отпуска денежной компенсацией

Часть ежегодного оплачиваемого отпуска, превышающая 28 календарных дней, по письменному заявлению работника может быть заменена денежной компенсацией.

При суммировании ежегодных оплачиваемых отпусков или перенесении ежегодного оплачиваемого отпуска на следующий рабочий год денежной компенсацией могут быть заменены часть каждого ежегодного оплачиваемого отпуска, превышающая 28 календарных дней, или любое количество дней из этой части.

Не допускается замена денежной компенсацией ежегодного основного оплачиваемого отпуска и ежегодных дополнительных оплачиваемых отпусков беременным женщинам и работникам в возрасте до восемнадцати лет, а также ежегодного дополнительного оплачиваемого отпуска работникам, занятым на работах с вредными и (или) опасными условиями труда, за работу в соответствующих условиях (за исключением выплаты денежной компенсации за неиспользованный отпуск при увольнении, а также случаев, установленных настоящим Кодексом).