В каких ещё структурах платится военная ипотека, кроме министерство обороны? ?

Где есть военная служба.

Федеральный закон от 28.03.1998 N 53-ФЗ (ред. от 03.08.2018) "О воинской обязанности и военной службе"

Статья 2. Военная служба. Военнослужащие

1. Военная служба - особый вид федеральной государственной службы, исполняемой гражданами, не имеющими гражданства (подданства) иностранного государства, в Вооруженных Силах Российской Федерации и в войсках национальной гвардии Российской Федерации (далее также - другие войска), в спасательных воинских формированиях федерального органа исполнительной власти, уполномоченного на решение задач в области гражданской обороны (далее - воинские формирования), Службе внешней разведки Российской Федерации, органах федеральной службы безопасности, органах государственной охраны, органах военной прокуратуры, военных следственных органах Следственного комитета Российской Федерации и федеральном органе обеспечения мобилизационной подготовки органов государственной власти Российской Федерации (далее - органы), воинских подразделениях федеральной противопожарной службы и создаваемых на военное время специальных формированиях, а гражданами, имеющими гражданство (подданство) иностранного государства, и иностранными гражданами - в Вооруженных Силах Российской Федерации и воинских формированиях.