Как обжаловать справку о судимости после аннулирования наказания? Возможно ли обратиться в Европейский Суд по правам человека для удаления данных о судимости?

Амнистия-не реабилитирующее основание. Это значит, что Вас признали виновным в совершении преступления, но освободили от наказания или сняли судимость (в связи с актом амнистии). При этом Вы считаетесь не судимым, но в справке отметка о том, что Вы привлекались к ответственности все равно будет, поскольку, Вы считаетесь все же совершившим преступление.

Эту отметку, что привлекались к ответственности, никак не уберешь, пока не будет иного решения по делу.

Смысл отметки не в том, что Вы судимы, а в том, что привлекались к уголовной ответственности.

Но, в Вашем случае Вы совершили кражу на сумму 1200 рублей, а в настоящее время (с 15.07.2016) уголовная ответственность за кражу по ч. 1 ст. 158 УК РФ наступает только если сумма ущерба превышает 2500 рублей.

Уголовный закон, устраняющий преступность деяния, смягчающий наказание или иным образом улучшающий положение лица, совершившего преступление, имеет обратную силу, то есть распространяется на лиц, совершивших соответствующие деяния до вступления такого закона в силу, в том числе на лиц, отбывающих наказание или отбывших наказание.

Попробуйте обжаловать приговор в кассационном порядке в президиум областного суда с просьбой отменить приговор и прекратить Ваше уголовное дело в связи с отсутствием состава преступления, т.к. сумма ущерба не превышает 2500 рублей.

А обратиться в Европейский суд по правам человека это Ваше право.