Мой сын хотят поставить на учет в полиции из-за жалобы одноклассника, но есть несоответствие в фактах - что делать?

Обжаловать можете в суд (ст. 218, 220 КАС РФ), позволяют это делать. По действиям потерпевшего можно отдельно заявление писать. Пусть его тоже проверяют.

Думаю, что никаких оснований для постановки на учет нет. Можете написать жалобу в прокуратуру или подать в суд. Если такой вердикт завтра будет.

Федеральный закон от 17.01.1992 N 2202-1 (ред. от 27.12.2018) "О прокуратуре Российской Федерации" (с изм. и доп., вступ. В силу с 08.01.2019)

Статья 10. Рассмотрение и разрешение в органах прокуратуры заявлений, жалоб и иных обращений

1. В органах прокуратуры в соответствии с их полномочиями разрешаются заявления, жалобы и иные обращения, содержащие сведения о нарушении законов. Решение, принятое прокурором, не препятствует обращению лица за защитой своих прав в суд. Решение по жалобе на приговор, решение, определение и постановление суда может быть обжаловано только вышестоящему прокурору.

2. Поступающие в органы прокуратуры заявления и жалобы, иные обращения рассматриваются в порядке и сроки, которые установлены федеральным законодательством.

3. Ответ на заявление, жалобу и иное обращение должен быть мотивированным. Если в удовлетворении заявления или жалобы отказано, заявителю должны быть разъяснены порядок обжалования принятого решения, а также право обращения в суд, если таковое предусмотрено законом.

4. Прокурор в установленном законом порядке принимает меры по привлечению к ответственности лиц, совершивших правонарушения.

5. Запрещается пересылка жалобы в орган или должностному лицу, решения либо действия которых обжалуются.

Чтобы обжалование постановление комиссии по делам несовершеннолетних получило юридическую силу, необходимо подать соответствующий запрос представителям этой службы. Заявление составляется на имя председателя, в нем излагается суть претензии. Этот документ обязательно регистрируется у секретаря или направляется заказным письмом с уведомлением. Комиссия обязана дать ответ на такой запрос. Если ваше прошение не удовлетворено, подается заявление в суд об отмене постановления комиссии по делам несовершеннолетних.

Затем если откажут обращаться в суд ст.ст.218-219 КАС РФ.