Есть ли какие-либо подзаконные акты, проясняющие этот вопрос?

Уточнение - только в части непредпринимательской деятельности.

А в качестве комментария.

"Письмо МНС РФ от 31 июля 2001 г. N ВГ-6-03/592@

"По вопросу предоставления льгот по налогам

образовательным учреждениям"

В связи с поступающими от Управлений МНС России по субъектам Российской Федерации обращениями по вопросу предоставления льгот по налогам образовательным учреждениям, Министерство Российской Федерации по налогам и сборам сообщает следующее.

В соответствии с пунктом 3 статьи 40 Закона Российской Федерации от 10.07.92 N 3266-1 "Об образовании" образовательные учреждения независимо от их организационно-правовых форм в части непредпринимательской деятельности, предусмотренной уставом этих образовательных учреждений, освобождаются от уплаты всех видов налогов, в том числе платы за землю.

Согласно статье 56 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс), льготами по налогам и сборам признаются предоставляемые отдельным категориям налогоплательщиков и плательщиков сборов предусмотренные законодательством о налогах и сборах преимущества по сравнению с другими налогоплательщиками или плательщиками сборов, включая возможность не уплачивать налог или сбор либо уплачивать их в меньшем размере.

В соответствии с пунктом 1 статьи 1 Кодекса законодательство Российской Федерации о налогах и сборах состоит из Кодекса и принятых в соответствии с ним федеральных законов о налогах и сборах.

При этом статьей 2 Кодекса установлено, что законодательство о налогах и сборах, в т.ч. федеральные законы о налогах и сборах, регулируют властные отношения по установлению, введению и взиманию налогов и сборов в Российской Федерации, а также отношения, возникающие в процессе осуществления налогового контроля, обжалования актов налоговых органов, действий (бездействия) их должностных лиц и привлечения к ответственности за совершение налогового правонарушения.

Предоставление образовательным учреждениям льгот по налогам и сборам Кодексом не предусмотрено.

Таким образом, предоставление образовательным учреждениям льгот по налогам возможно только после внесения соответствующих изменений в законы и иные нормативные акты, регулирующие порядок взимания конкретных налогов.

Вместе с тем арбитражная практика рассмотрения споров о применении налоговой льготы, содержащейся в Законе Российской Федерации "Об образовании", показывает, что арбитражные суды при разрешении указанных споров применяют нормы о налоговых льготах вне зависимости от того, в какой закон включена такая норма, исходя из того, что решение вопроса о месте расположения той или иной правовой нормы находится в компетенции законодателя, а не суда.

Учитывая изложенное, впредь до введения в действие соответствующих глав части второй Налогового кодекса Российской Федерации и в целях избежания потерь бюджета в виде уплаты процентов в соответствии со статьей 79 Кодекса налоговым органам рекомендуется руководствоваться правовой нормой закрепленной в пункте 3 статьи 40 Закона Российской Федерации от 10.07.92 N 3266-1 "Об образовании", предусматривающей освобождение образовательных учреждений от уплаты всех видов налогов, за исключением налогов, введенных частью второй Налогового кодекса Российской Федерации, в части осуществляемой непредпринимательской деятельности, предусмотренной уставом этих образовательных учреждений.

Изложенное подтверждается пунктом 15 постановления Пленума Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации от 28.02.2001 N 5 "О некоторых вопросах применения части первой Налогового кодекса Российской Федерации", согласно которому впредь до введения в действие соответствующих глав части второй НК РФ судам рекомендовано применять принятые в установленном порядке нормы закона, касающиеся налоговых льгот, независимо от того, в какой законодательный акт они включены: связанный или не связанный в целом с вопросами налогообложения.

Учитывая изложенное, при проведении налоговыми органами камеральных и выездных налоговых проверок образовательным учреждениям в части осуществляемой ими непредпринимательской деятельности не начисляются суммы налогов, по которым законодательными актами Российской Федерации образовательным учреждениям предоставлены льготы, если иное не предусмотрено соответствующими главами части второй Налогового кодекса Российской Федерации, а также не начисляются пени, штрафы.

Возврат налогоплательщику излишне уплаченных сумм налогов, по которым законодательными актами Российской Федерации образовательным учреждениям предоставлены льготы, производится только при наличии соответствующего решения арбитражного суда.

Первый заместитель

министра РФ по налогам и сборам В.В.Гусев"