Отказ в оплате полного проезда Северодвинск-Сочи из-за разрыва между поездами?

Если Вы работаете в коммерческой организации, то оплата проезда производится в порядке, установленном локальным нормативным актом, как правило коллективным договором. Если в кол.договоре есть такая оговорка, то отказ правомерен, если нет, требуйте отплаты через суд.

Если Вы работаете в бюджетной организации, финансируемой из федерального бюджета, то порядок оплаты установлен Постановлением Правительства РФ от 12.06.2008 N 455. Прямого указания на разрыв в пределах суток нет, но пункт 9 Постановления устанавливает: в случае если работник учреждения проводит отпуск в нескольких местах, то компенсируется стоимость проезда только к одному из этих мест (по выбору работника), а также стоимость обратного проезда от того же места к месту постоянного жительства по фактическим расходам (при условии проезда по кратчайшему маршруту следования) или на основании справки о стоимости проезда в соответствии с установленными пунктом 5 настоящих Правил категориями проезда, выданной транспортной организацией, но не более фактически произведенных расходов.

Возьмите справку о стоимости билета Северодвинск-Сочи, к ней приложите билеты Северодвинск-СПб, СПб-Сочи и билет Сочи-Северодвинск, возможно так оплатят стоимость Сев-ск-Сочи и обратно.