Можно ли считать исковую давность по задолженности к оплате услуг ЖКХ, согласно ст.200 ГК РФ три года?

Можно.

Постановление Пленума Верховного Суда РФ от 29 сентября 2015 г. N 43

"О некоторых вопросах, связанных с применением норм Гражданского кодекса Российской Федерации об исковой давности"

24. По смыслу пункта 1 статьи 200 ГК РФ течение срока давности по иску, вытекающему из нарушения одной стороной договора условия об оплате товара (работ, услуг) по частям, начинается в отношении каждой отдельной части. Срок давности по искам о просроченных повременных платежах (проценты за пользование заемными средствами, арендная плата и т.п.) исчисляется отдельно по каждому просроченному платежу.