Возможность обжалования пропущена - как оспорить сумму пени при взыскании долга в 46000?

Обратитесь в Арбитражный суд, вынесший решение, с заявлением о восстановлении срока на подачу апелляционной жалобы. Если суд Вам востановит срок, то подавайте апелляционную жалобу. Если срок восстановлен не будет, то можете подавать кассационную жалобу (ч. 1 ст.273 Арбитражно-процессуального Кодекса РФ).

При этом, при подаче кассационной жалобы необходимо приложить ходатайство о восстановлении срока на подачу кассационной жалобы, т.к. и этот срок Вы пропустили.

АПК РФ Статья 276. Срок подачи кассационной жалобы

1. Кассационная жалоба может быть подана в срок, не превышающий двух месяцев со дня вступления в законную силу обжалуемых судебного приказа, решения, постановления арбитражного суда, если иное не предусмотрено настоящим Кодексом.

2. Срок подачи кассационной жалобы, пропущенный по причинам, не зависящим от лица, обратившегося с такой жалобой, в том числе в связи с отсутствием у него сведений об обжалуемом судебном акте, по ходатайству указанного лица может быть восстановлен арбитражным судом кассационной инстанции при условии, что ходатайство подано не позднее чем через шесть месяцев со дня вступления в законную силу обжалуемого судебного акта или, если ходатайство подано лицом, указанным в статье 42 настоящего Кодекса, со дня, когда это лицо узнало или должно было узнать о нарушении его прав и законных интересов обжалуемым судебным актом.