Насколько критично утеря печати в заочном ВУЗе и прекращение посещения уже 5 лет?

Здравствуйте, Родион!

Для получения документов напишите заявление на имя ректора (декана) о выдаче документов (возможно сразу не выдадут, т.к. нужно будет поднимать из архива, в этом случае себе обязательно сохраните экземпляр заявления с отметкой о вручении!).

Согласно пункту 47 Порядка организации и осуществления образовательной деятельности по образовательным программам высшего образования - программам бакалавриата, программам специалитета, программам магистратуры, утвержденного Приказом Министерства образования и науки РФ от 5 апреля 2017 г. № 301

документ об образовании, предоставленный при поступлении в организацию, выдается из личного дела лицу, окончившему обучение в организации, выбывшему до окончания обучения из организации, а также обучающемуся по его заявлению. При этом в личном деле остается заверенная организацией копия документа об образовании.

По поводу последствий: считаю, что их быть не должно, образовательная организация не вправе удерживать документ даже в связи с имеющейся задолженностью (см. ч. 3 ст. 61 Федерального закона от 29.12.2012 № 273-ФЗ "Об образовании в РФ"), но вправе взыскать такую задолженность в судебном порядке (в Вашем же случае уже и сроки давности истекли).