Ответьте пожалуйста как поступить в создавшейся ситуации.

Ничего страшного не случится, если Вы и брат заключите договор купли-продажи после оформления всех документов на квартиру (в т.ч. свидетельства о праве собственности).

На израсходованную на приобретение квартиры сумму Вы имеете право получить имущественный налоговый вычет по налогу на доходы физических лиц в сумме не более 1 млн. рублей (подпункт 2 пункта 1 статьи 220 НК РФ), для чего Вам потребуется свидетельство о праве собственности. В случае продажи квартиры Вы также вправе в соответствии с подпунктом 1 пункта 1 статьи 220 НК РФ получить имущественный налоговый вычет в сумме не более 1 млн. рублей (поскольку, как видно из Вашего вопроса, продать квартиру брату Вы собираетесь ранее истечения 5 лет владения квартирой на праве собственности, которые дают право на вычет на всю сумму). Если сумма будет выше 1 млн. рублей, то с суммы превышения платится налог в размере 13 процентов. Но ничто не заставляет Вас продавать квартиру по какой-то определенной цене, это Ваше право, по какой цене продавать. Более того, заключить с братом договор купли-продажи и зарегистрировать его в учреждении юстиции можно и без реальной передачи денег (это никто не проверяет), просто в договоре отдельно укажите, что сумма братом получена полностью и он под этими словами поставит подпись (опасность только одна: в случае указания в договоре подозрительной цены налоговые органы могут заинтересоваться и по закону отберут все (ст. 169 ГК РФ).

С уважением,