Вручили уведомление о моей задолженности по зарплате и пригрозили судом.

Добрый день! Вы знаете, это смотря с какой стороны посмотреть: если вы желаете в конец испортить отношение с руководством предприятия, "поставить на деньги" бухгалтера предприятия (кто то же должен быть крайний и возместить указанную сумму предприятию); если вы решили уволиться, и вам наплевать на ваше доброе имя (это я к тому, что не все положительно оценят ваши действия по невозврату денег, в основном будут жалеть бухгалтера), то конечно можно "побадаться" (если этим всем обстоятельствам соответствует сумма переплаты). Кстати и шанс у вас статься при деньгах , не плохой.

В ст. 1109 ч. 1 п. 3 ГК РФ указаны основания неосновательное обогащение (в вашем случае), не подлежащее возврату, а это заработная плата и приравненные к ней платежи, пенсии, пособия, стипендии, возмещение вреда, причиненного жизни или здоровью, алименты и иные денежные суммы, предоставленные гражданину в качестве средства к существованию, при отсутствии недобросовестности с его стороны и счетной ошибки. Но как видете, здесь есть нюанс по поводу - счетной ошибки. В принципе если бы это была счетная ошибка, то с вас бы давно деньги сняли. Так что сопоставьте все, и примите для себя решение. С уважением, P.S: Извините за прямолинейность, но я смотрю трезво на ситуацию и оцениваю её со всех сторон.