Отказ в оплате обратных билетов с длительной пересадкой в Новосибирске - законно ли это?

Нет незаконно

Расходы, подлежащие компенсации, включают в себя:

Постановлением Правительства РФ от 7 марта 2016 г. N 171 в подпункт "а" внесены изменения

См. текст подпункта в предыдущей редакции

а) оплату стоимости проезда к месту использования отпуска работника учреждения и обратно к месту постоянного жительства - в размере фактических расходов, подтвержденных проездными документами (включая оплату услуг по оформлению проездных документов, предоставление в поездах постельных принадлежностей), но не выше стоимости проезда:

железнодорожным транспортом - в купейном вагоне скорого фирменного поезда;

водным транспортом - в каюте V группы морского судна регулярных транспортных линий и линий с комплексным обслуживанием пассажиров, в каюте II категории речного судна всех линий сообщения, в каюте I категории судна паромной переправы;

воздушным транспортом - в салоне экономического класса. При использовании воздушного транспорта для проезда работника учреждения и членов его семьи к месту использования отпуска указанного работника и (или) обратно к месту постоянного жительства проездные документы (билеты) оформляются (приобретаются) только на рейсы российских авиакомпаний или авиакомпаний других государств - членов Евразийского экономического союза, за исключением случаев, если указанные авиакомпании не осуществляют пассажирские перевозки к месту использования отпуска либо если оформление (приобретение) проездных документов (билетов) на рейсы этих авиакомпаний невозможно ввиду их отсутствия на дату вылета к месту использования отпуска и (или) обратно;