Арендатору отказано в разрешении на строительство из-за включения земельного участка в территорию общего пользования - как защитить свои права?

Надо смотреть условия договора аренды и руководстваться им (ст. 606 ГК РФ). Если там есть санкции, штрафы, то выставлять их согласно договора (ст. 330 ГК РФ)

Также в договоре может быть прописан порядок согласования, информирования стороны.

Надо обжаловать План планировки территории. Это нормативно-правовой акт, который можно обжаловать в рамках КАС РФ. Обязательные требования к административному иску установлен ст. 124-125 КАС РФ.

Если со стороны арендодателя имело место одностороннее изменение договора, не предусмотренное его условиями, то можно расторгнуть договор и требовать возмещения убытков по п.5 ст. 453 ГК РФ.

Если основанием для изменения или расторжения договора послужило существенное нарушение договора одной из сторон, другая сторона вправе требовать возмещения убытков, причиненных изменением или расторжением договора.

Все зависит от содержания заключенного договора.

Правильно понимаю, что после подписания сторонами договора о долгосрочной аренде, стороной договора было изменено разрешенное использование земельного участка, т.е. нарушены существенные условия договора и тем самым Вам причинен ущерб?

Считаю, что в данном случае можно обратиться к ГК РФ Статья 393. Обязанность должника возместить убытки.