Какая статья жилищного кодекса подкрепляет о том, что нельзя открывать аптеки и магазины на первых этажах?

Такой статьи нет.

Есть норма, которая запрещает производства в жилых домах.

Статья 17. Назначение жилого помещения и пределы его использования. Пользование жилым помещением

1. Жилое помещение предназначено для проживания граждан.

2. Допускается использование жилого помещения для осуществления профессиональной деятельности или индивидуальной предпринимательской деятельности проживающими в нем на законных основаниях гражданами, если это не нарушает права и законные интересы других граждан, а также требования, которым должно отвечать жилое помещение.

3. Не допускается размещение в жилых помещениях промышленных производств, а также осуществление в жилых помещениях миссионерской деятельности, за исключением случаев, предусмотренных статьей 16 Федерального закона от 26 сентября 1997 года N 125-ФЗ "О свободе совести и о религиозных объединениях".

4. Пользование жилым помещением осуществляется с учетом соблюдения прав и законных интересов проживающих в этом жилом помещении граждан, соседей, требований пожарной безопасности, санитарно-гигиенических, экологических и иных требований законодательства, а также в соответствии с правилами пользования жилыми помещениями, утвержденными уполномоченным Правительством Российской Федерации федеральным органом исполнительной власти.

Аптека и магазин - деятельность непротиворечащая указанной норме!