Что делать, если мы хотим издать новую (3-ю) редакцию устава в связи с очередным изменением уставного капитала?

Вопрос: Добрый день! В первой редакции устава ООО уставный капитал составлял 10000 рублей (законный минимум). Позже была создана новая (2-я) редакция устава, в котором участник взял на себя обязательство увеличить уставный капитал до 40 млн. руб. в течение 1 года с момента государственной регистрации этой (2-й) редакции устава. Из п. 1 ст. 19 ФЗ "Об ООО" следует, что фактическое увеличение уставного капитала ООО за счет дополнительных вкладов его участников происходит до государственной регистрации изменений в учредительных документах ООО, связанных с увеличением его уставного капитала. Самое интересное, что такие неправомерные изменения были зарегистрированы ИМНС. Уставный капитал до указанного размера увеличен не будет даже в течение 1 года с момента регистрации новой редакции устава. Что делать, если мы хотим издать новую (3-ю) редакцию устава в связи с очередным изменением уставного капитала? Ведь в связи с ранее допущенными нарушениями мы даже не знаем чем будут являться эти изменения: увеличением (по отношению к 1-й редакции устава) или уменьшением (по отношению ко 2-й его редакции, обязательства по которой выполнены не были). Ведь невозможно взять и просто "забыть" противоречащую закону 2-ю редакцию устава и не считаться с ее положениями. Кстати, этап принятия решения о подведении итогов внесения дополнительных вкладов и внесения изменений в учредительные документы, участником ООО вообще был пропущен, что в соответствии с п. 1 ст. 19 ФЗ "Об ООО" должно было повлечь отказ в регистрации и признание увеличения уставного капитала несостоявшимся. Заранее благодарен, Сергей.