Могут ли отказать в получении субсидии, если долг по коммуналке погашен, а пени частично нет?

Если подходить формально и буквально понимать формулировку, то в статье 159 Жилищного кодекса РФ право на получение субсидии связывается с отсутствием долга по ЖКУ. Субсидию оформить не получится, если имеется долг. Так гласит закон.

Однако, в пункте 47 Постановления Пленума Верховного суда РФ от 27.06.2017 № 22 сказано, что наличие задолженности как таковой не лишает права на субсидию. Органы соцзащиты должны определить причины, по которым образовалась задолженность, а также установить, предпринимал ли гражданин действия, направленные на погашение задолженности.

Если исходить из этих положений, то чисто теоретически Вы можете обратиться за субсидией.