Могут ли отказать в ВНЖ если не оплачены налоги за ИП.

Такого основания не предусмотрено.

Федеральный закон от 25.07.2002 N 115-ФЗ (ред. от 26.07.2019) "О правовом положении иностранных граждан в Российской Федерации"

Статья 9. Основания отказа в выдаче либо аннулирования вида на жительство

1. Вид на жительство иностранному гражданину не выдается, а ранее выданный вид на жительство аннулируется в случае, если данный иностранный гражданин:

1) выступает за насильственное изменение основ конституционного строя Российской Федерации, иными действиями создает угрозу безопасности Российской Федерации или граждан Российской Федерации;

2) финансирует, планирует террористические (экстремистские) акты, оказывает содействие в совершении таких актов или совершает их, а равно иными действиями поддерживает террористическую (экстремистскую) деятельность;

3) в течение пяти лет, предшествовавших дню подачи заявления о выдаче вида на жительство, подвергался административному выдворению за пределы Российской Федерации, депортации или передавался Российской Федерацией иностранному государству в соответствии с международным договором Российской Федерации о реадмиссии либо в течение десяти лет, предшествовавших дню подачи заявления о выдаче вида на жительство, неоднократно (два и более раза) подвергался административному выдворению за пределы Российской Федерации, депортации или передавался Российской Федерацией иностранному государству в соответствии с международным договором Российской Федерации о реадмиссии;

(пп. 3 в ред. Федерального закона от 23.07.2013 N 224-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

4) представил поддельные или подложные документы либо сообщил о себе заведомо ложные сведения;

5) осужден вступившим в законную силу приговором суда за совершение тяжкого или особо тяжкого преступления либо преступления, рецидив которого признан опасным, или за совершение преступления, связанного с незаконным оборотом наркотических средств, психотропных веществ и их аналогов или прекурсоров, растений, содержащих наркотические средства или психотропные вещества либо их прекурсоры, а также их частей, содержащих наркотические средства или психотропные вещества либо их прекурсоры;

(в ред. Федерального закона от 23.07.2013 N 224-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

6) имеет непогашенную или неснятую судимость за совершение тяжкого или особо тяжкого преступления на территории Российской Федерации либо за ее пределами, признаваемого таковым в соответствии с федеральным законом;

7) неоднократно (два и более раза) в течение одного года привлекался к административной ответственности за совершение административного правонарушения, связанного с посягательством на общественный порядок и общественную безопасность либо нарушением режима пребывания (проживания) иностранных граждан в Российской Федерации или порядка осуществления ими трудовой деятельности на территории Российской Федерации, либо совершил административное правонарушение, связанное с незаконным оборотом наркотических средств, психотропных веществ и их аналогов или прекурсоров, растений, содержащих наркотические средства или психотропные вещества либо их прекурсоры, а также их частей, содержащих наркотические средства или психотропные вещества либо их прекурсоры;

(пп. 7 в ред. Федерального закона от 23.07.2013 N 224-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

8) не может представить доказательств возможности содержать себя и членов своей семьи в Российской Федерации в пределах прожиточного минимума, не прибегая к помощи государства, за исключением случая, если иностранный гражданин признан нетрудоспособным;

9) по истечении трех лет со дня въезда не имеет в Российской Федерации жилого помещения на основаниях, предусмотренных законодательством Российской Федерации;

10) выехал из Российской Федерации в иностранное государство для постоянного проживания;

КонсультантПлюс: примечание.

С 01.11.2019 пп. 11 п. 1 ст. 9 излагается в новой редакции (ФЗ от 02.08.2019 N 257-ФЗ). См. будущую редакцию.

11) находится за пределами Российской Федерации более шести месяцев;

12) заключил брак с гражданином Российской Федерации, послуживший основанием для получения вида на жительство, и этот брак признан судом недействительным;

13) является больным наркоманией, либо не имеет сертификата об отсутствии у него заболевания, вызываемого вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ-инфекции), за исключением случаев, предусмотренных абзацем третьим пункта 3 статьи 11 Федерального закона от 30 марта 1995 года N 38-ФЗ "О предупреждении распространения в Российской Федерации заболевания, вызываемого вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ-инфекции)", либо страдает одним из инфекционных заболеваний, которые представляют опасность для окружающих. Перечень таких заболеваний и порядок подтверждения их наличия или отсутствия утверждаются уполномоченным Правительством Российской Федерации федеральным органом исполнительной власти.