Можно ли миграционный штраф оплачивать частично

По умолчанию - только полностью, иначе штраф считается неоплаченным. Либо можете просить об отсрочке или рассрочке оплаты этого штрафа в соответствии с:

КоАП РФ Статья 31.5. Отсрочка и рассрочка исполнения постановления о назначении административного наказания.

1. При наличии обстоятельств, вследствие которых исполнение постановления о назначении административного наказания в виде административного ареста, лишения специального права, принудительного выдворения за пределы Российской Федерации иностранного гражданина или лица без гражданства или в виде административного штрафа невозможно в установленные сроки, судья, орган, должностное лицо, вынесшие постановление, могут отсрочить исполнение постановления на срок до одного месяца.

2. С учетом материального положения лица, привлеченного к административной ответственности, уплата административного штрафа может быть рассрочена судьей, органом, должностным лицом, вынесшими постановление, на срок до трех месяцев.

3. Отсрочка или рассрочка исполнения постановления о назначении административного наказания в виде административного штрафа не применяется в отношении иностранных граждан и лиц без гражданства, которым административный штраф назначен одновременно с административным выдворением за пределы Российской Федерации, а также в отношении лиц, которым назначен административный штраф за совершение административных правонарушений, предусмотренных статьями 11.26, 11.29, 12.9, частями 6 и 7 статьи 12.16, статьей 12.21.3 настоящего Кодекса, в случае совершения данных административных правонарушений с использованием транспортных средств, принадлежащих иностранным перевозчикам.

4. При применении отсрочки или рассрочки исполнения постановления о назначении административного наказания суд, орган, должностное лицо, вынесшие постановление, указывают в постановлении срок, с которого начинается исполнение административного наказания.