Есть ли разница для граждан прописанных временно и постоянно. Например: получение льгот. Устройство детей садик, в школу, и т.д..

Есть всегда. Сами по себе ни регион, ни муниципальное образование ничем не обязаны не проживающим постоянно в них жителям (которые по временной регистрации). Федеральные - льготы и выплаты в таком случае предоставляются всем, региональные и местные только тем, которые прямо указываются в региональных и местных актах.