Сейчас идут разговоры (никакого документа не встречала), что данные доплаты необходимо производить из прибыли.

Ваша ситуация регулируется ст.255 Налогового Кодекса РФ.

Статья 255. Расходы на оплату труда

В расходы налогоплательщика на оплату труда включаются любые начисления работникам в денежной и (или) натуральной формах, стимулирующие начисления и надбавки, компенсационные начисления, связанные с режимом работы или условиями труда, премии и единовременные поощрительные начисления, расходы, связанные с содержанием этих работников, предусмотренные нормами законодательства Российской Федерации, трудовыми договорами (контрактами) и (или) коллективными договорами.

К расходам на оплату труда в целях настоящей главы относятся, в частности:

... 3) начисления стимулирующего и (или) компенсирующего характера, связанные с режимом работы и условиями труда, в том числе надбавки к тарифным ставкам и окладам за работу в ночное время, работу в многосменном режиме, за совмещение профессий, расширение зон обслуживания, за работу в тяжелых, вредных, особо вредных условиях труда, за сверхурочную работу и работу в выходные и праздничные дни, производимые в соответствии с законодательством Российской Федерации;

...25) другие виды расходов, произведенных в пользу работника, предусмотренных трудовым договором и (или) коллективным договором.

Если ваши доплаты не подходят под подпункт 3 (в связи с тем, что старые советские нормы доплат не действуют в отношении вашей организации), то под подпункт 25 они прямо подпадают, при условии, что доплаты указаны в трудовом договоре с работником или в коллективном договоре.

Грамотно составленный трудовой договор может содержать отсылки к любым нормативным актам предприятия. В этом случае достаточно установить доплаты в приказе по предприятию.

Согласно ст.135 Трудового Кодекса РФ, система оплаты и стимулирования труда, в том числе повышение оплаты за работу в ночное время, выходные и нерабочие праздничные дни, сверхурочную работу и в других случаях, устанавливается работодателем с учетом мнения выборного профсоюзного органа данной организации.

Следует заметить, что условия оплаты труда, определенные трудовым или коллективным договором, не могут быть ухудшены по сравнению с установленными Кодексом, законами, иными нормативными правовыми актами.