Налог за продажу дачи - почему при приватизации дома пришлось заплатить больше?

Если я правильно понял 480 тысяч это то что вы получили на руки а договор зарегистрирован был примерно на 900 тысяч? Если это так, то да придётся уплатить налог с продажи жилого помещения, и стоимость будет учитываться для расчёта налога которая указана в договоре.

А когда освобождается от налогового бремя продавец, вот список обстоятельств (с сайта налоговой)

Для объектов недвижимого имущества, приобретенных в собственность после 01.01.2016:

Доходы, получаемые налогоплательщиком от продажи объекта недвижимого имущества, освобождаются от налогообложения (и декларирования) при условии, что такой объект находился в собственности налогоплательщика в течение минимального предельного срока владения объектом недвижимого имущества и более.

Минимальный предельный срок владения объектом недвижимого имущества составляет 3 года для объектов недвижимого имущества, в отношении которых соблюдается хотя бы одно из следующих условий:

право собственности на объект получено налогоплательщиком в порядке наследования или по договору дарения от физического лица, признаваемого членом семьи и (или) близким родственником этого налогоплательщика в соответствии с Семейным кодексом Российской Федерации;

право собственности на объект получено налогоплательщиком в результате приватизации;

право собственности на объект получено налогоплательщиком - плательщиком ренты в результате передачи имущества по договору пожизненного содержания с иждивением.

В иных случаях минимальный предельный срок владения объектом недвижимого имущества составляет 5 лет.

Для объектов недвижимого имущества, приобретенных в собственность до 01.01.2016, а также для иного имущества (гараж, автомобиль и тд.) – минимальный срок владения составляет 3 года.