С 2001 года он не появлялся, но с регистрационного учета (прописки) в этой квартире он не снят.

Уважаемый Рафаель !

Все вопросы, связанные с регистрацией граждан РФ в жилых помещениях по месту пребывания (временная регистрация) и (или) по месту жительства (постоянная регистрация), регулируются следующими нормативными актами:

1. Законом РФ от 25.06.1993 г. № 5242-1 О праве граждан Российской Федерации на свободу передвижения, выбор места пребывания и жительства в пределах Российской Федерации";

2. Правилами регистрации и снятия граждан Российской Федерации с регистрационного учета по месту пребывания и по месту жительства в пределах Российской Федерации и перечень должностных лиц, ответственных за регистрацию, утвержденными Постановлением Правительства РФ 17.07.1995 г. № 713;

3. Административным регламентом предоставления Федеральной миграционной службой государственной услуги по регистрационному учету граждан Российской Федерации по месту пребывания и по месту жительства в пределах Российской Федерации, утвержденным Приказом ФМС РФ 20.09.2007 г. № 208.

Пунктом 31 Правил установлено, что снятие гражданина с регистрационного учета по месту жительства производится органами регистрационного учета в случае:

а) изменения места жительства - на основании заявления гражданина о регистрации по новому месту жительства или заявления о снятии его с регистрационного учета по месту жительства. При регистрации по новому месту жительства, если гражданин не снялся с регистрационного учета по прежнему месту жительства, орган регистрационного учета в 3-дневный срок обязан направить соответствующее уведомление в орган регистрационного учета по прежнему месту жительства гражданина для снятия его с регистрационного учета;

б) призыва на военную службу - на основании сообщения военного комиссариата;

в) осуждения к лишению свободы - на основании вступившего в законную силу приговора суда;

г) признания безвестно отсутствующим - на основании вступившего в законную силу решения суда;

д) смерти или объявления решением суда умершим - на основании свидетельства о смерти, оформленного в установленном законодательством порядке;

е) выселения из занимаемого жилого помещения или признания утратившим право пользования жилым помещением - на основании вступившего в законную силу решения суда;

ж) обнаружения не соответствующих действительности сведений или документов, послуживших основанием для регистрации, а также неправомерных действий должностных лиц при решении вопроса о регистрации - на основании вступившего в законную силу решения суда.

Вот и из этого и следует исходить.