Как открыть ООО для импорта и экспорта, имея ИП в Японии и гражданство России?

Еще раз здравствуйте Надежда

Конечно можете зарегистрироваться как ИП или ООО в РФ, так как вы в РФ в качестве ИП или ООО не зарегистрированы, отсутствует информация о вас в реестре ФНС согласно ст.1 Федерального закона от 08.08.2001 N 129-ФЗ (ред. от 26.11.2019) "О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей" (с изм. и доп., вступ. В силу с 11.05.2020)

Но учитывая, что вы планируйте осуществлять коммерческую деятельность между собой, то лучше конечно регистрировать ООО

В ином случае выгоднее оформлять ИП (В соответствии с п. 3 ст. 346.11 НК РФ ИП не признаются плательщиками НДС, кроме налога, уплачиваемого при ввозе товаров на территорию РФ и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией, согласно положениям НК РФ, а также НДС, подлежащий уплате по ст. 174.1 НК РФ.)

Государственная регистрация юридических лиц и индивидуальных предпринимателей (далее - государственная регистрация) - акты уполномоченного федерального органа исполнительной власти, осуществляемые посредством внесения в государственные реестры сведений о создании, реорганизации и ликвидации юридических лиц, приобретении физическими лицами статуса индивидуального предпринимателя, прекращении физическими лицами деятельности в качестве индивидуальных предпринимателей, иных сведений о юридических лицах и об индивидуальных предпринимателях в соответствии с настоящим Федеральным законом