Заверять ли документы единственному учредителю ООО, регистрирующемуся через МФЦ?

Если вы подаёте документы через МФЦ, то подпись на заявлении должна быть нотариально удостоверена. Если не хотите нотариально удостоверять, то подавайте документы лично в налоговую инспекцию, а не через МФЦ.

Федеральный закон от 08.08.2001 N 129-ФЗ (ред. от 26.11.2019) "О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей" (с изм. и доп., вступ. В силу с 11.05.2020)

Статья 9. Порядок представления документов при государственной регистрации

1.2. Необходимые для государственной регистрации заявление, уведомление или сообщение представляются в регистрирующий орган по форме, утвержденной уполномоченным Правительством Российской Федерации федеральным органом исполнительной власти, и удостоверяются подписью заявителя, подлинность которой должна быть засвидетельствована в нотариальном порядке, если иное не установлено настоящим пунктом. При этом заявитель указывает свои паспортные данные или в соответствии с законодательством Российской Федерации данные иного удостоверяющего личность документа и идентификационный номер налогоплательщика (при его наличии).

Свидетельствование в нотариальном порядке подписи заявителя на представляемых при государственной регистрации заявлении, уведомлении или сообщении не требуется в случае:

представления документов, предусмотренных статьей 12 настоящего Федерального закона, непосредственно в регистрирующий орган лично заявителем с представлением одновременно документа, удостоверяющего его личность;