Как сыну стать главой КФХ после смерти отца и закрытия организации в налоговой инспекции

Нет, лицензия дается на эксплуатацию скважины, а не на человека, то наследует скважину, то и будет наследовать лицензию.

Закон РФ от 21.02.1992 N 2395-1 (ред. от 27.12.2019) "О недрах" (с изм. и доп., вступ. В силу с 31.05.2020)

Статья 17.1. Переход права пользования участками недр и переоформление лицензий на пользование участками недр

При переходе права пользования участком недр лицензия на пользование участком недр подлежит переоформлению. В этом случае условия пользования участком недр, установленные прежней лицензией, пересмотру не подлежат.

Нужно просто переоформить лицензию, но это в том случае, если вы стали соответствующим образом приняли наследство фермерского хозяйства и стали фермером (приняты в фермерское хозяйство)

(Статья 1179. ГК РФ Наследование имущества члена крестьянского (фермерского) хозяйства

1. После смерти любого члена крестьянского (фермерского) хозяйства наследство открывается и наследование осуществляется на общих основаниях с соблюдением при этом правил статей 253 - 255 и 257 - 259 настоящего Кодекса.

2. Если наследник умершего члена крестьянского (фермерского) хозяйства сам членом этого хозяйства не является, он имеет право на получение компенсации, соразмерной наследуемой им доле в имуществе, находящемся в общей совместной собственности членов хозяйства. Срок выплаты компенсации определяется соглашением наследника с членами хозяйства, а при отсутствии соглашения судом, но не может превышать один год со дня открытия наследства. При отсутствии соглашения между членами хозяйства и указанным наследником об ином доля наследодателя в этом имуществе считается равной долям других членов хозяйства. В случае принятия наследника в члены хозяйства указанная компенсация ему не выплачивается.

3. В случае, когда после смерти члена крестьянского (фермерского) хозяйства это хозяйство прекращается (пункт 1 статьи 258), в том числе в связи с тем, что наследодатель был единственным членом хозяйства, а среди его наследников лиц, желающих, чтобы осуществление крестьянским (фермерским) хозяйством его деятельности продолжалось, не имеется, имущество крестьянского (фермерского) хозяйства подлежит разделу между наследниками по правилам статей 258 и 1182 настоящего Кодекса."