Судья не доволен - стороны не хотят примиряться и рассмотрение заявления подсудимого о насилии вызывает вопросы

Да, судья может так сделать. И такое довольно часто встречается в практике.

В соответствии со статьей 321 УПК РФ:

Рассмотрение заявления по уголовному делу частного обвинения может быть соединено в одно производство с рассмотрением встречного заявления. Соединение заявлений допускается на основании постановления мирового судьи до начала судебного следствия. При соединении заявлений в одно производство лица, подавшие их, участвуют в уголовном судопроизводстве одновременно в качестве частного обвинителя и подсудимого. Для подготовки к защите в связи с поступлением встречного заявления и соединением производств по ходатайству лица, в отношении которого подано встречное заявление, уголовное дело может быть отложено на срок не более 3 суток. Допрос этих лиц об обстоятельствах, изложенных ими в своих заявлениях, проводится по правилам допроса потерпевшего, а об обстоятельствах, изложенных во встречных жалобах, - по правилам допроса подсудимого.