Что делать, если в смете к контракту был воздух на полмиллиона - перспективы судебного разбирательства.

Проконсультируйте, пожалуйста, по следующему вопросу. Выиграли тендер по 44 ФЗ, было значительное аукционное снижение. Выполнили работы, при этом объём работ изменился - что-то добавилось, что-то убавилось, в итоге приходится "сдаваться" с сопоставительными актами. При согласовании локальных смет и КС "всплыло" одно удивительное обстоятельство - в смете к контракту было забито почти 500 000 "воздуха" - то есть, стоимость работ и материалов должна была отличаться на эту сумму от того, что было в смете к контракту. Подсчёт позиций по разделам отличался от того, что было в коце документа. Можем предположить, что либо был "утерян" какой-то раздел, либо смета к контракту была сфальсифицирована, что вероятнее. Если бы суммы в сметах к контракту соответствовали действительности, то есть, если бы они были посчитаны в соответствии с заявленными объёмами-ценами-коэффициентами, то аукционное снижение было бы меньше намного. Сейчас, согласовывая локальные сметы и КС-ки, получаем сильно заниженную сумму (500 тысяч "воздуха" же в расчётах не участвуют). в такой ситуации куда можно обращаться, каковы перспективы судебного разбирательства (и с кем - с заказчиком или со службой заказчика, которая готовила смету?) и каков должен быть наш правильный порядок действий?