Но сегодня утром мы узнали, что он умер и как нам быть теперь как востанавливать сроки по вступлению в наследство

Если отец не принял в пользование наследственное имущество после смерти супруги (т.е. не принял наследство хотя бы фактически), то у него остается один вариант действий. Это обращение в суд с заявлением о восстановлении срока принятия наследства. Ответчиком должен быть брат отца, оформивший наследство.

Требования о восстановлении срока принятия наследства и признании наследника принявшим наследство могут быть удовлетворены лишь при доказанности совокупности следующих обстоятельств:

а) наследник не знал и не должен был знать об открытии наследства или пропустил указанный срок по другим уважительным причинам. К числу таких причин следует относить обстоятельства, связанные с личностью истца, которые позволяют признать уважительными причины пропуска срока исковой давности: тяжелая болезнь, беспомощное состояние, неграмотность и т.п. (статья 205 ГК РФ), если они препятствовали принятию наследником наследства в течение всего срока, установленного для этого законом. Не являются уважительными такие обстоятельства, как кратковременное расстройство здоровья, незнание гражданско-правовых норм о сроках и порядке принятия наследства, отсутствие сведений о составе наследственного имущества и т.п.;

б) обращение в суд наследника, пропустившего срок принятия наследства, с требованием о его восстановлении последовало в течение шести месяцев после отпадения причин пропуска этого срока. Указанный шестимесячный срок, установленный для обращения в суд с данным требованием, не подлежит восстановлению, и наследник, пропустивший его, лишается права на восстановление срока принятия наследства.

Учитывая длительность срока, пропущенный Вашим отцом, перспектива данного дела весьма сомнительна. Ваш отец просто не сможет обосновать уважительность причины пропуска установленного законом 6-месячного срока принятия наследства.