Сын поступил в военное училище, написал рапорт на отчисление после курса молодого бойца, но командир отказал ему в этом праве

Он является курсантом, Гражданин, зачисленный в военно-учебное заведение, назначается на воинскую должность курсанта, слушателя или иную воинскую должность, предусмотренную для военнослужащих, обучающихся в указанном учебном заведении, в соответствии с присвоенным ему воинским званием.

Статья 40. Военная присяга и обязательство

1. Военнослужащий, являющийся гражданином, проходящий военную службу по призыву или впервые поступивший на военную службу по контракту, или гражданин, не проходивший военной службы и впервые призванный на военные сборы, или гражданин, обучающийся в военном учебном центре при федеральной государственной образовательной организации высшего образования по программе военной подготовки и проходящий учебные сборы, или гражданин, обучающийся в военной образовательной организации высшего образования по программе военной подготовки сержантов, старшин запаса либо программе военной подготовки солдат, матросов запаса и проходящий учебные сборы, приводится к Военной присяге перед Государственным флагом Российской Федерации и Боевым Знаменем воинской части.

До приведения к Военной присяге (принесения обязательства):

военнослужащий или гражданин, призванный на военные сборы или проходящий учебные сборы, не может привлекаться к выполнению боевых задач (участию в боевых действиях, несению боевого дежурства, боевой службы, караульной службы) и задач при введении режима чрезвычайного положения и в условиях вооруженных конфликтов;

за военнослужащим или гражданином, призванным на военные сборы или проходящим учебные сборы, не могут закрепляться оружие и военная техника;

к военнослужащему или гражданину, призванному на военные сборы или проходящему учебные сборы, не может быть применен дисциплинарный арест.

А потому, если он не станет принимать присягу, то его отчислят и направят служить в ВС РФ, рядовым на срочную службу..