Вопрос присвоения звания прапорщика - противоречат ли моей специальности и воинской должности?

Вы не написали - какую должность Вы занимаете. Прапорщик - это звание, а не должность.

В соответствии с п.4 ст.21 Положения о порядке прохождения военной службы, утв. Указом Президента РФ от 16.09.1999 N 1237 "Вопросы прохождения военной службы":

4. Воинское звание прапорщика (мичмана) присваивается:

а) военнослужащему, окончившему военно-учебное заведение, осуществляющее подготовку военнослужащих по военно-учетным специальностям прапорщиков (мичманов), имеющему среднее общее образование, - по окончании указанного учебного заведения;

б) гражданину (военнослужащему), не имеющему воинского звания прапорщика (мичмана), имеющему высшее или среднее профессиональное образование, родственное соответствующей военно-учетной специальности, и поступившему на военную службу по контракту на воинскую должность, для которой штатом предусмотрено воинское звание прапорщика (мичмана), - при назначении на соответствующую воинскую должность;

в) военнослужащему, не имеющему воинского звания прапорщика (мичмана), проходящему военную службу по контракту, имеющему высшее или среднее профессиональное образование, родственное соответствующей военно-учетной специальности, и назначенному на воинскую должность, для которой штатом предусмотрено воинское звание прапорщика (мичмана), - при назначении на соответствующую воинскую должность;

г) военнослужащему, не имеющему воинского звания прапорщика (мичмана), проходящему военную службу по контракту в Службе внешней разведки Российской Федерации, Федеральной службе безопасности Российской Федерации, Федеральной службе войск национальной гвардии Российской Федерации, Федеральной службе охраны Российской Федерации или Главном управлении специальных программ Президента Российской Федерации, - в порядке, определенном руководителями указанных органов, по окончании подготовки по программе обучения в составе учебной группы или одновременно с поступлением на военную службу при условии последующей подготовки в течение первого года службы.