Нужно ли предупреждать начальника о перерыве на обед при работе по графику?

О наступлении времени обеда вы не обязаны предупреждать начальника.

Ваш вопрос не такой простейший, как Вам, быть может, кажется.

Дело в том, что конкретные обязанности работника могут устанавливаться не только федеральным законодательством (Трудовым кодексом), но и различными локальными нормативными актами, действующими на Вашем предприятии (Положением о дисциплине, Рабочим распорядком, должностными инструкциями). Кроме того, отдельные обязанности работника (и работодателя) могут вытекать из самого характера трудовых обязанностей. Например, пожарный, военнослужащий или медицинский работник не могут самовольно покинуть свое рабочее место даже, если закончилась их смена (вахта) при наличии критической ситуации.

Однако, общий подход к Вашей ситуации должен быть такой. Если есть некий внутренний нормативный акт - график Вашей смены, утвержденный руководством предприятия, то этот график является обязательным как для Вас, так и для Вашего непосредственного руководителя, и Вы не обязаны тратить свое время отдыха на поиск руководителя и согласование с ним Вашего ухода на обед. Вы вправе указать на это руководству, и в случае конфликта жаловаться более высокому руководству. Однако, по возможности, лучше не идти на конфликт, а решить ситуацию мирно.