Начисление пени по квартплате - осталось после погашения долга и списывается на счет квартплаты - законно ли это?

По общему правилу исполнения денежных обязательств сначала происходит списание издержек, процентов (в вашем случаи пеней), а потом уже основного долга.

Т.е. списание с вас пени, а потом основного долга-это законно.

ГК РФ Статья 319. Очередность погашения требований по денежному обязательству

Сумма произведенного платежа, недостаточная для исполнения денежного обязательства полностью, при отсутствии иного соглашения погашает прежде всего издержки кредитора по получению исполнения, затем - проценты, а в оставшейся части - основную сумму долга.

Согласно ЖК РФ УК или ТСЖ имеют полное право начислять неустойку за просрочку оплаты коммунальных услуг.

ЖК РФ Статья 155. Внесение платы за жилое помещение и коммунальные услуги

14. Лица, несвоевременно и (или) не полностью внесшие плату за жилое помещение и коммунальные услуги, обязаны уплатить кредитору пени в размере одной трехсотой ставки рефинансирования Центрального банка Российской Федерации, действующей на день фактической оплаты, от не выплаченной в срок суммы за каждый день просрочки начиная с тридцать первого дня, следующего за днем наступления установленного срока оплаты, по день фактической оплаты, произведенной в течение девяноста календарных дней со дня наступления установленного срока оплаты, либо до истечения девяноста календарных дней после дня наступления установленного срока оплаты, если в девяностодневный срок оплата не произведена. Начиная с девяносто первого дня, следующего за днем наступления установленного срока оплаты, по день фактической оплаты пени уплачиваются в размере одной стотридцатой ставки рефинансирования Центрального банка Российской Федерации, действующей на день фактической оплаты, от не выплаченной в срок суммы за каждый день просрочки. Увеличение установленных настоящей частью размеров пеней не допускается.