ИП столкнулся с проблемой при продаже недвижимости, купленной по договору ДУ в 2009 году

Я будучи ИП, По договору ДУ строительства ТЦ в 2009 году оплатил 100 % стоимости недвижимого имущества и получил свидетельство о собственности, помещение использовалось помещение для продажи детской одежды. В 2014 году помещение поделил на 2 и в 2015 получил Сидетельства о собственности. С 2014 года в помещения не использовались в предпринимательской деятельности. В марте 2017 года деятельность ИП Прекратил и работал по найму, а в августе 2017 одно помещение продаю и так как считая что оно в собственности с 2009 года декларацию не подаю и налог не плачу. Но Налоговая в ходе камеральной проверки признала нарушение и начислила налог 375000 пени и штраф, мотивируя тем что ранее помещение использовалось в предпринимательской деятельности но при этом применила при расчетаналоговой базы вычет в 250 тысяч, не дав мне применить вычет по понесённым мною расходам. При проверке я предоставил ей Договор ДУ, Акт приема-передачи имущества от застройщика мне и Свидетельства о собственности 2009 года и 2015 а вот банковской выписки о платежах найти не смог. Обратился в банк но получил отказ так как документы хранятся в банке 5 лет. Компании застройщика уже нет, а Налоговая не согласна с тем что помещение с момента регистрации 2015 году в предпринимательской деятельности не использовалось, так как в собственности с 2009 года. Как мне быть.