Можно ли нам (между нами есть такая договоренность) поступить так: я отказываюсь от свой доли квартиры, она - от ценных бумаг?

Отказаться от доли наследства нельзя. Вам с сестрой можно заключить соглашение о разделе наследственного имущества.

Статья 1165 ГК РФ. Раздел наследства по соглашению между наследниками

1. Наследственное имущество, которое находится в общей долевой собственности двух или нескольких наследников, может быть разделено по соглашению между ними.

К соглашению о разделе наследства применяются правила настоящего Кодекса о форме сделок и форме договоров.

2. Соглашение о разделе наследства, в состав которого входит недвижимое имущество, в том числе соглашение о выделении из наследства доли одного или нескольких наследников, может быть заключено наследниками после выдачи им свидетельства о праве на наследство.

Государственная регистрация прав наследников на недвижимое имущество, в отношении которого заключено соглашение о разделе наследства, осуществляется на основании соглашения о разделе наследства и ранее выданного свидетельства о праве на наследство, а в случае, когда государственная регистрация прав наследников на недвижимое имущество была осуществлена до заключения ими соглашения о разделе наследства, на основании соглашения о разделе наследства.

3. Несоответствие раздела наследства, осуществленного наследниками в заключенном ими соглашении, причитающимся наследникам долям, указанным в свидетельстве о праве на наследство, не может повлечь за собой отказ в государственной регистрации их прав на недвижимое имущество, полученное в результате раздела наследства.