Командир полка может задержать перевод в случае назначения на вышестоящую должность?

Исходя из условий вопроса полагаю, что Вы переведены на равнозначную должность приказом должностного лица, которое для Вашего командира является начальником.

В связи с указанным применимо следующее.

Указ Президента РФ от 10.11.2007 N 1495 (ред. от 09.07.2020) "Об утверждении общевоинских уставов Вооруженных Сил Российской Федерации" (вместе с "Уставом внутренней службы Вооруженных Сил Российской Федерации", "Дисциплинарным уставом Вооруженных...

Приказ (приказание), порядок его отдачи и выполнения

39. Приказ - распоряжение командира (начальника), обращенное к подчиненным и требующее обязательного выполнения определенных действий, соблюдения тех или иных правил или устанавливающее какой-либо порядок, положение.

Приказ может быть отдан в письменном виде, устно или по техническим средствам связи одному или группе военнослужащих. Приказ, отданный в письменном виде, является основным распорядительным служебным документом (нормативным актом) военного управления, издаваемым на правах единоначалия командиром воинской части. Устные приказы имеют право отдавать подчиненным все командиры (начальники).

Обсуждение (критика) приказа недопустимо, а неисполнение приказа командира (начальника), отданного в установленном порядке, является преступлением против военной службы.

Таким образом, у командира воинской части в которой Вы проходите службу нет правовых оснований для неисполнения приказа о Вашем переводе.