У меня в собственности 2 квартиры: в одной я прописана, но не проживаю, а в другой никто не прописан, но там я живу.

Здравствуйте, Оксана Николаевна.

Это - законно. Ранее - примерно до 2009 года двойной тариф действовал только при оплате за жилье, в котором Вы не зарегистрированы по месту жительства (так называемое "второе жилье". Но формулировка закона поменялась. Сейчас ЖКУ оплачиваются по двойному тарифу, "если собственник имеет более одного жилого помещения в собственности". При этом не имеет значения, зарегистрирован ли он в одном из них или нет.