Нарушения в образовательной организации - анализ мер наказания и нормативных документов.

Смотрите, предписание не является мерой наказания, а является мерой, принимаемой должностными лицами органа государственного контроля (надзора) в отношении фактов нарушений, выявленных при проведении проверки, предусмотренной частью 1 статьи 17 Федерального закона от 26.12.2008 N 294-ФЗ "О защите прав юридических лиц и индивидуальных предпринимателей при осуществлении государственного контроля (надзора) и муниципального контроля".

При несогласии с предписанием его можно оспорить в суде в течение трех месяцев с момента получения (часть 4 статьи 198 АПК РФ) (суд также может приостановить срок исполнения предписания по вашем ходатайству) + в течение 15 дней с момента составления акта проверки Вы можете направить на него возражения.

Иногда по результатам проверки выдают представление, вместо предписания. Это разные документы, выдача представления предусмотрена КоАП РФ, а не 294-ФЗ.

На практике проще исполнить предписание, чем его обжаловать. В вашем случае сделать акты об утилизации и приказ о создании экспертной комиссии.

Применительно к составу и порядка хранения документов общим регулирующим документом является Приказ Росархива от 20.12.2019 N 236 "Об утверждении Перечня типовых управленческих архивных документов, образующихся в процессе деятельности государственных органов, органов местного самоуправления и организаций, с указанием сроков их хранения" (Зарегистрировано в Минюсте России 06.02.2020 N 57449).

Детально законность предписания конечно необходимо изучать применительно к вашей ситуации, возможно есть (скорее всего есть) и другие документы, которые регулируют порядок утилизации документов именно в образовательных организациях.