Что делать после смерти генерального директора и как изменить недостоверные сведения юридического лица?

На самом деле это вопрос со многими неизвестными. Я бы Вам рекомендовал:

1. Взять устав Общества и посмотреть что там написано про наследников - требуется ли перехода доли в уставном капитале общества к наследникам умершего участника общества согласие участников общества?

2. Если такое согласие требуется - то даст ли его второй участник?

В случае, если согласие не требуется или если требуется, то такое согласие будет получено, то нотариус учреждает доверительное управление долей.

У вас достаточно сложная ситуация. Я специализируюсь на таких вопросах, поэтому попробую коротко (на сколько это возможно) объяснить и дать рекомендацию как такие вопросы решаются.

Смотрите, права участника у наследников возникают с момента принятия наследства, если в Уставе ООО отсутствует запрет на отчуждение или вступление в состав участников общества третьих лиц без согласия других участников. Изменения в ЕГРЮЛ вносятся на основании свидетельства о праве на наследство.

Если такой запрет есть, то права участника возникают с момента принятия решения живыми участниками решения в форме решения общего собрания о принятии наследников в состав участников или выплате наследникам действительной стоимости доли. В случае принятия решения о выплате действительной стоимости доли доли умершего переходит к ООО и подлежит распределению между выжившими участниками общества. В вашем случае в пользу участника, имеющего 10 процентов.

Подробно вопрос о переходе прав участника общества к наследникам я также рассматривал в своей публикации "Выход участника из общества после смерти других участников // К вопросу о наследстве как участнике общества№ на профессиональном сайте Закон. Ру. Можете ознакомиться по ссылке: zakon.ru.

Что касается назначения нового директора. Это можно сделать только через назначение нотариусом доверительного управляющего наследственным имуществом в соответствии со статьей 1173 ГК РФ:

если в составе наследства имеется имущество, требующее не только охраны, но и управления (предприятие, доля в уставном (складочном) капитале корпоративного юридического лица, пай, ценные бумаги, исключительные права и тому подобное), нотариус в соответствии со статьей 1026 настоящего Кодекса в качестве учредителя доверительного управления заключает договор доверительного управления этим имуществом.

Причем доверительный управляющий может быть выбран из числа наследников. Наследнику или пережившему участнику необходимо обратиться к нотариусу с просьбой заключить договор доверительного управления наследственным имуществом. Затем нотариусом назначается доверительный управляющий, организуется общее собрание участников, на котором переживший участник совместно с доверительным управляющим избирают нового директора. После этого новым директором вносятся изменения в ЕГРЮЛ о новом директоре. Подробно с этим порядком можно ознакомиться также на сайте налоговой по ссылке: www.nalog.ru

Соответственно после внесения записи вопрос с налоговой будет решён.